在農業、食品、醫學等行業中普遍需要通過生物實驗對細菌進行相關檢測工作，菌落的數量是衡量食品藥品等是否合格的重要標準，如何快速地確定菌落的數量成為行業內亟待解決的問題。菌落總數是評價食品、化妝品、生活飲用水等許多產品一般衛生質量、污染程度以及安全性zui常用的指標菌之一。菌落計數儀的使用是體現菌落總數檢驗結果的準確性，直接影響這些產品衛生安全性評價的可靠性。
    菌落計數2人分別使用菌落計數儀，以2人計數結果的平均值報告菌落數。通常認為不同稀釋度間的誤差及同稀釋度兩平行平板間的誤差均不應超過10％~1，若其誤差超過，其結果不可采用。
    平板上的蔓延菌落一般不予計數。若有必要對其計數時，鏈狀菌落如僅有1條鏈，可視為個菌落；如有不同來源的幾條鏈，則應將每條鏈作為1個菌落計。若蔓延菌落不到平板的50％，而其余50％中菌落分布又很均勻，即可計算 50％的平板后乘2以代表全平板菌落數。
    采取冷凍狀態下進行平板菌落計數的方法是不正確的。必須嚴格按照樣品的解凍條件要求，待樣品*解凍后，再實施檢驗 ，此結果才能更客觀地反映樣品實際的污染程度。